의 창건 연대는 미상이나, 1870년경 쌍월선사(雙月禪師)와 응월화상(應月和尙)이 수행하셨던 도량으로 알려져 있습니다. 또한 상효동 85-1번지에는 쌍계암(雙溪庵) 또는 두타사(頭陀寺)라 불려지던 암자가 1930년대 까지 있었습니다.
1982년 조계종 종정 3 · 4 · 6대를 역임하신 고암(古庵) 대종사(大宗師)께서 선덕사가 불조혜명(佛祖慧命)을 잇는 선불장(選佛場)이 될 수 있도록 중창(重刱) 할 것을 학균(學均) 손상좌(孫上座)에 유촉하시고 학전선원(鶴栴禪院)을 개산(開山)하면서 비롯되었습니다.
선덕사는 중창 과정에서 전체 건물이 목조로 이뤄졌으며,우리나라의 보편적인 가람 양식을 잇고 있으며 제주석을 이용한 5층석탑이 건립되어 있습니다
선덕사에는중요한 불교문화유산인 묘법연화경(妙法蓮華經)목판본류(木版本類) 3책을 보존하고 있습니다.
이 경전은 고암 대종사가 전하여 준 것으로서,이미 그 문화재적가치가 높게 평가되어
2003. 7. 2일 제주도지정유형문화재 제19-1호 대자암판 묘법연화경 권3~4.1책. 제19-2호 화암사판묘법연화경 권4~7.1책. 제19-3호 갑인자판 복각 묘법연화경 권1~2.1책. 등이 각 각제주도지정유형문화재로 지정 보존되고 있습니다.